Odborné sekcie združenia sú odborným, metodickým a iniciatívnym orgánom združenia spravidla pre oblasť identickú s pôsobnosťou ústredného orgánu štátnej správy, prípadne iného orgánu, voči ktorému je združenie reprezentantom a hovorcom.
V súčasnosti má Združenie samosprávnych krajov SK8 zriadených deväť sekcií - na čele každej je predseda zvolený Zhromaždením združenia. Členmi sú vedúci zamestnanci jednotlivých samosprávnych krajov a schádzajú sa podľa potreby.
