Odborné sekcie združenia sú odborným, metodickým a iniciatívnym orgánom združenia spravidla pre oblasť identickú s pôsobnosťou samosprávnych krajov.
V súčasnosti má združenie Samosprávne kraje Slovenska zriadených desať sekcií - na čele každej je predseda zvolený Zhromaždením združenia. Členmi sú vedúci zamestnanci jednotlivých samosprávnych krajov a schádzajú sa podľa potreby.
majetko-právne vysporiadanie pozemkov & správa majetku krajov
rozvoj stredoškolského vzdelávania & podpora školských zariadení
podpora nezriaďovanej kultúry & kultúrnych inštitúcií
koordinácia rozpočtových & finančných vzťahov
postavenie krajov v rámci čerpania finančných prostriedkov z fondov EÚ
zabezpečenie zdravotnej & lekárenskej starostlivosti
všestranný rozvoj socio-ekonomického potenciálu regiónov
tvorba aktivít zabezpečujúcich zlepšenie životných podmienok obyvateľov
rozvoj cestnej infraštruktúry & dopravnej obslužnosti regiónov
zabezpečenie energie v regióne & energetická politika subjektov verejnej správy
rozvoj informačných systémov, kybernetická bezpečnosť & databázy
správa & údržba ciest vo vlastníctve samosprávnych krajov
Starohájska ulica 6868/10
917 01 Trnava
Slovensko